"config/database.yml"に"socket: /var/lib/mysql/mysql.sock"のようにmysql.sockの正しいパスを付け加えれば動作するのだが毎回していするのはめんどい。
あとは/tmpにシンボリックリンクを作るという手もあるらしい。。
# ln -s /var/lib/mysql/mysql.sock /tmp/mysql.sock
実際行った対処はRubyGemsでrails関連を再インストール(uninstallしてinstall)した後にrailsコマンドでアプリを作り直したところ
"config/database.yml"に"socket: /var/lib/mysql/mysql.sock"と付くようになり"rake db:migrate"も成功するようになった。どうやらrailsが正しいパスを認識してくれたようですね。